Oberitalien war 1799 auch Schauplatz des Zweiten Koalitionskrieges. Russische und österreichische Truppen vertrieben die französischen Truppen und zerstörten die französischen Satellitenstaaten. Für das vereinte russisch-österreichische Kontingent dieser zweiten Koalition wurde am 24. Februar 1799 Suworow als Oberbefehlshaber eingesetzt. Es folgten die Schlacht an der Adda am 27. April, der Einzug in Mailand am 30. April, der Fall von Turin am 22. Mai und am 18. Juni die Schlacht an der Trebbia. Die russische Vorhut kämpfte gegen die polnische Legion unter Jan Henryk Dąbrowski. Alte Gegner aus den polnischen Feldzügen standen sich erneut und unerbittlich gegenüber. Die siegreiche Schlacht bei Novi am 15. August 1799 beendete den Feldzug. Am 19. August wurde Suworow für seine Erfolge in Italien vom Zaren zum Fürsten von Italien (Knjas Italijski) erhoben.

Österreich und Großbritannien wirkten auf den russischen Kaiser ein, die russischen Truppen aus Italien abzuziehen. Damit waren beide Staaten im politischen Vorteil bei den späteren Friedensverhandlungen mit Frankreich. Die Russen wurden in die Schweiz geschickt und marschierten am 7. September 1799 ab.

Der Plan Suworows war es, mit seiner ca. 21.000 Mann zählenden Armee durch einen überraschenden Vorstoss quer durch die Alpen in den Rücken der Truppen von General André Masséna vorzustossen und ihn zusammen mit den Truppen von Alexander Rimski-Korsakow und einer österreichischen Armee unter General Hotze bei Zürich in die Zange zu nehmen. Obwohl die Russen noch nie zuvor in den Bergen gekämpft hatten, eroberten sie am 24. September den Gotthardpass von den Franzosen, worauf sie unter französischem Beschuss die Schöllenenschlucht passierten. Angekommen in Altdorf, erkannte Suworow, dass ein Weg nach Schwyz entlang des Vierwaldstättersees, mit dem er gemäss der ihm von den Österreichern zur Verfügung gestellten Militärkarten gerechnet hatte, gar nicht existierte. Die Strasse endete damals in Altdorf.

Suworow entschied sich für ein waghalsiges Manöver über den Kinzigpass (Chinzig Chulm) ins Muotatal. Obwohl seine Armee zu diesem Zeitpunkt bereits sehr erschöpft war, gehorchte sie treu seinen Befehlen. Das Muotatal wurde am 27. September erreicht. Dort erreichte Suworow die Nachricht, dass am 25. und 26. September Rimski-Korsakow und Hotze von Massena in der Zweiten Schlacht um Zürich vernichtend geschlagen wurden. Auf einmal wurden er und seine Armee vom Jäger zum Gejagten und sie saßen obendrein noch in der Falle des Muotatals. Nach dem Sieg über Masséna in der Schlacht im Muotatal am 1. Oktober gelang Suworow jedoch der Ausbruch über den Pragelpass nach Glarus, von wo aus sich die russische Armee über den Panixerpass ins Bündnerland absetzte und dann über den St. Luzisteig Richtung Österreich marschierte.

Trotz der widrigen Bedingungen konnte Suworow ca. 15.000 Mann seiner Armee aus der Umzingelung herausführen und brachte noch ca. 1400 französische Gefangene mit sich, darunter General Guiot de Lacour. Insgesamt konnten bei hohen Verlusten von 4.000 Mann die Ziele des Alpenfeldzugs jedoch nicht erreicht werden. Für die Verspätung Suworows spielte die verspätete Bereitstellung der Lasttiere durch die Österreicher am Anfang des Feldzugs, aber auch als auch unzureichende Kenntnisse der Landschaft ebenso eine Rolle wie die beim verlustreichen Kampf um die Teufelsbrücke verlorene Zeit. Der ehrgeizige, aber im Detail unzureichend durchdachte österreichische Plan verwandelte sich dadurch in ein kräftezehrendes Abenteuer ohne militärischen oder politischen Nutzen. Die ehemalige russische Italien-Armee war danach jedoch bis auf Weiteres nur bedingt einsatzfähig und Russland musste sich somit bei den Verhandlungen mit einer Nebenrolle begnügen.

Am 5. Dezember erreichten die restlichen Soldaten Prag und bezogen das Winterquartier bei Dušníky. Suworows schwere Erkrankung liess ihn den Oberbefehl abgeben. Am 20. März 1800 fiel er erneut in Ungnade, weil während des Feldzuges administrative Dienstvorschriften nicht eingehalten worden waren, die Existenz eines Stabes zur Kriegsführung war vom Kaiser bei Regierungsantritt abgeschafft worden. Offiziere sollten nicht am Schreibtisch sitzen, sondern kämpfen. Obwohl Paul I. Suworow vollständig freie Hand gewährt hatte und den Kriegsrat angewiesen hatte, dass Suworow keine Befehle, sondern nur noch Empfehlungen und Informationen bekommen solle, revanchierte sich der Monarch auf diese Weise, nachdem Suworow nicht mehr benötigt wurde.

Am 18. Mai 1800 starb Alexander Suworow und wurde sechs Tage später im Alexander-Newski-Kloster beigesetzt. Die öffentliche Presse und der Hof nahmen weder Tod noch Beisetzung offiziell zur Kenntnis. Das einfache Volk versammelte sich in grosser Zahl zur Beisetzung.